聯合國世界觀光組織（UNWTO）曾經提到「過度旅遊」（overtourism）現象是「對旅遊目的地或景點造成負面影響，損害當地居民的生活品質，並對遊客的旅行體驗帶來不利影響」將會有越來越多的國家面臨。像是義大利優美水都威尼斯，就曾深受其擾，不僅郵輪排放污染物、越來越多歷史建築改建成飯店，被聯合國將威尼斯列為瀕危世界遺產，雖然目前沒有確切定義與標準衡量過度旅遊，但各種評估標準大致相近，現在這股「過度旅遊」熱潮於疫情後也在台灣小琉球出現。
在國慶連假期間，小琉球最著名的地標「花瓶岩」擠滿遊客，整個沙灘都被觀光客塞得水洩不通，就連停車場也得等上半天，即使是連假最後一天也不見人潮散去，但臉書社團「小琉球聯盟」就有網友發現，花瓶岩周圍的涼亭被遊客佔據，甚至還有人搭起帳篷，甚至還擺放了烤肉架和過夜用具，直接將公共區域當作免費露營區，引發當地人不滿。
圖／國慶連假期間民眾將小琉球涼亭當成露營地。翻攝自臉書社團「小琉球聯盟中」。
除了公有地的亂象，觀光熱潮引發的環境破壞也在小琉球不斷發生，雖然2015年當地潮間帶規定必須有導遊陪同進入，但仍止不住遊客湧入。2019年就曾經有15萬人湧入潮間帶，相當於共30萬隻腳踩踏在不到7平方公里的大自然環境，導致無脊椎動物密度比五年前銳減八成，一直到2020年管制人流後，生態才有慢慢復甦，為了持續維護環境，縣府也進一步宣布明年起將收保育費來「以價制量」。
圖／小琉球明年四月將收保育費以維護環境。翻攝自臉書粉專「大鵬灣國家風景區管理處」。
遊客對潮間帶的踩踏已讓海洋生物造成衰退，但在國慶連假期間每天仍有超過萬人湧入，對此屏東縣府計劃於明年4月起在杉福、漁埕尾和肚仔坪潮間實施「保育費」制度，每人最低收費60元。
根據中山大學的調查顯示，雖然97%的遊客接受收取保育費，但當地業者不禁擔心生意受影響，提出建議將費用降至10到20元，或整合其他景點收費，縣府表示11月將再做問卷調查，統整地方意見後決定最後的收費區域跟價格，成為全台第一個收費的離島觀光景點。
圖／小琉球觀光客湧入造成亂象。翻攝自臉書社團「小琉球聯盟中」。
